Jucătorul ia rolul unui soldat cu numele nedezvăluit (mai târziu cunoscut ca Ranger în Quake III Arena) trimis într-un portal pentru a opri un inamic, cu nume de cod „Quake”. Guvernul a experimentat cu tehnologia de teleportare, și a creat un prototip funcțional numit „Slipgate”. Din păcate, un portal spre o dimensiune necunoscută a fost deschis, și grupări ucigașe încep să apară, omorând și furând cât de mult pot până la întoarcerea prin portal. O dată trimis prin portal, principalul obiectiv al jucătorului este să supraviețuiască și să localizeze ieșirea, prin care va trece în următorul nivel, în mod similar cu Doom.